Письмом Министерства финансов от 04.06.12 № 03-04-05/5-682 разъясняется, что если со дня смерти наследодателя прошло больше 3-х лет, то НДФЛ при продаже недвижимости уплачивать не нужно. 

Принятое наследство признается принадлежащим физическому лицу со дня открытия наследства, т.е. дня смерти наследодателя, независимо от момента его фактического принятия, а также момента госрегистрации права на наследственное имущество, когда такое право подлежит государственной регистрации (ст. 1114, 1152 ГК РФ).

Таким образом у наследников право собственности на имущество возникает со дня смерти наследодателя независимо от даты государственной регистрации этих прав.

Таким образом, разъяснил Минфин письмом от 13.06.12 № 03-04-05/7-726, независимо от даты регистрации права собственности, если после смерти наследодателя прошло более трех лет, при продажи квартиры полученные доходы не будут подлежать налогообложению НДФЛ.