При реорганизации предприятия налоговые службы должны заново подтверждать право на имущественный вычет. В случае обращения сотрудника с учреждения, прошедшего реорганизацию, необходимо использовать порядок предоставления налоговым агентом имущественного налогового вычета, представленном в письме Министерства финансов РФ № 03-04-05/7-599 от 25.08.2011. 

Согласно данному документу при предоставлении налогоплательщиком подтверждения права на имущественный вычет, выданного налоговым органом, налоговый агент обязан предоставить ему таковой. Если, в связи с реорганизацией предприятия, налогоплательщик не полностью воспользовался имущественным налоговым вычетом за соответствующий налоговый период, то он имеет полное право на обращение в налоговую службу с просьбой о предоставлении повторного (нового) уведомления о подтверждении права на имущественный налоговый вычет у другого налогового агента. Просьба должна быть указана в заявлении, к которому необходимо приложить справку по форме 2-НДФЛ, которая была выдана еще до реорганизации учреждения, где работал налогоплательщик, с указанием доходов просителя с начала налогового периода до завершения функционирования предприятия. 

Остаток имущественного вычета, который может получить налогоплательщик, определяется исходя из налогового имущественного вычета, полученного в последний налоговый период до реорганизации предприятия, на котором он работал. Далее налоговый орган обязан предоставить уведомление, подтверждающее право налогоплательщика на предоставление новым налоговым агентом имущественного налогового вычета.