Вернуть можно только удержанный у Вас налог - "налог на доходы физических лиц". Если налог не удерживался, то и вернуть  ничего нельзя. Указание на удержание налога есть в справке о доходах по форме 2-НДФЛ. Запросите эти справки за три года у источника выплаты  "Ежемесячных денежных выплат". В них  будут указаны суммы удержанного налога за каждый год.

Во-первых, если Вы (или в данном случае – Ваш сын) не согласны с требованием налоговых органов об уплате налогов, пени и штрафов, Вы действительно можете обжаловать такие требования . Причем сделать это можно, как обратившись сначала в вышестоящий налоговый орган  с жалобой (это может быть Управление ФНС России по соответствующему субъекту РФ – например, по г.Москве, этот вопрос можно уточнить в налоговой инспекции непосредственно), так и сразу напрямую в суд (ст. 138 НК РФ) с требованием об оспаривании соответствующего акта. То есть существует порядок обжалования досудебный и судебный.
Во-вторых, следует найти основания для отмены требования налоговой инспекции об уплате пени и штрафов. Поскольку, в Налоговом Кодексе РФ (далее – НК РФ) не предусмотрено  освобождение или отсрочка от уплаты налогов, пени и штрафов в связи с отбыванием наказания в виде лишения свободы, то придется доказывать отсутствие вины в неуплате налога. Если отсутствие вины будет признано налоговым органом или судом, то начисление штрафа исключается.
Если же не удастся доказать отсутствие вину, то существуют обстоятельства, смягчающие ответственность за совершение налогового правонарушения, в том числе, таковыми признается совершение правонарушения вследствие стечения тяжелых личных или семейных обстоятельств. Этот факт тоже может установить суд. А при наличии хотя бы одного смягчающего ответственность обстоятельства размер штрафа подлежит уменьшению не меньше, чем в два раза по сравнению с размером, установленным соответствующей статьей НК РФ.
Что касается пени, то поскольку пеня не является санкцией за неуплату налога, а только способом обеспечения исполнения обязанности по уплате налога и сбора (ст. 75 НК РФ), то в данном случае о привлечении к ответственности и о наличии или отсутствии вины речи не идет, и пеня начисляется, можно сказать, автоматически, никакая проверка в данном случае не нужна. Здесь можно порекомендовать Вашему сыну сначала попробовать напрямую обратиться в Налоговую инспекцию по почте с просьбой о предоставлении отсрочки по уплате налогов, пени и штрафов в соответствии со ст. 64 НК РФ с указанием основания (имущественное положение физического лица исключает возможность единовременной уплаты налога) и причины (отсутствие доходов в связи с отбыванием наказания). И уже при отказе инспекции обратиться в суд с приложением соответствующего документа, исходящего из налогового органа.  

Имущественный налоговый вычет при продаже в размере 1 млн.рублей применяется к доходу от продажи недвижимости, право собственности на которую приобретено после 01 января 2016г.

За 2015г. Вы должны оплатить два налога . Один - с полученных доходов . В зависимости от того зарегистрированы Вы в качестве предпринимателя или нет ставка налога может составлять от 6% до 13% от суммы дохода. Второй налог - налог на имущество. Ставка налога на имущество определяется представительными органами муниципального образования в пределах от 0,1 до 2,0 процента. Порядок определения налоговой базы для исчисления налога на имущества также определяет муниципальный орган ( интвентарная или кадастровая стоимость). За 2016г. Вы должны будете оплатить налог на имущество .

Поскольку право собственности на квартиру к Вам перешло по наследству  до 1 января 2016г, , то  налогообложению разница между полученным доходом от продажи и имущественным налоговым вычетом. Имущественный налоговый вычет в Вашем случае равен 1 млн.руб,  При этом обращаем Вашем внимание, что передаче по наследству подлежало не имущество ( т.к. на момент смерти не было зарегистрировано право собственности), а  право требования. Это обстоятельство может создать в налоговой инспекции конфликт по поводу определения даты перехода права собственности.

Если Вы получили имущественный налоговый вычет в связи с приобретением квартиры в 2012г., то новое приобретение в 2016г. не дает Вам права на получение имущественного налогового вычета повторно. Налоговым кодексом РФ установлено ограничение - имущественный налоговый вычет в связи с приобретением жилой недвижимости можно применить один раз в жизни. При этом , если квартиры приобретались в долевую собственность, то рекомендуется оценить это условие. Основана эта рекомендация на том, что с 2014г. изменился порядок применения имущественного налогового вычета при приобретении жилой недвижимости в долевую собственность. Такая оценка может быть проведена на платной консультации при представлении документов. Записаться на консультацию можно по телефону 8(495)287-60-03 или на сайте

Бланки декларации по форме 3-НДФЛ можно получить в налоговой инспекции, скачать программу по заполнению 3-НДФЛ с сайта налоговой инспекции, заполнить декларацию в личном кабинете, поручить заполнение декларации "Персональному аудиту".

В общем порядке налог с полученного дохода от сдачи в аренду квартиры оплачивает собственник квартиры.  За исключением случая, если собственник (Ваш сын) передает право распоряжения (использования) полученного вознаграждения за аренду  в полном объеме доверенному лицу (отцу).

Имущественный налоговый вычет в связи с приобретением земельного участка предоставляется при предъявлении , помимо прочих документов, свидетельства о собственности на жилой дом. Если Вы зарегистрировали в 2014г. жилой дом , а не незавершенный объект, то Вы сможете воспользоваться имущественным налоговым вычетом. Отчуждение права на недвижимость не прекращает права на имущественный налоговый вычет. При этом , следует учесть , что налоговые органы при принятии решения о предоставлении имущественного налогового вычета имеют право затребовать оригиналы всех правоустанавливающих документов, включая платежные документы.

Да, вы сделали правильный расчет. Учтите особенность : право собственности на приобретаемую квартиру должно быть зарегистрировано в том же году, что и продажа 1/2 доли приватизированной квартиры.

Позиция Минфина - при размежевании земельного участка возникают новые объекты. На этом основании признается, что срок владения начинает исчисляться с  с регистрации новых участков.

Что касается "вторичной" квартиры , то доход от ее продажи освобожден от налогообложения, т.к. срок владения более 3-х.  При получении дохода от уступки права требования по ДДУ декларацию о полученном доходе необходимо подать. налоговая база при этом будет определяться как разница между доходом от уступки права и расходами по приобретению этого права.

Если имущество на момент продажи в собственности менее 3-х лет, то доход от продажи такого имущества облагается налогом на доходы физических лиц (НДФЛ). Налоговая база для исчисления налога определяется как разница между полученным доходом (1125 тыс.руб.) и имущественными налоговыми вычетами. Имущественных вычетов может быть в этом случае два. Один предоставляется по поводу продажи. Его размер может быть выбран Вами : либо 1 млн.руб. либо расходы по приобретению продаваемого имущества. Другой - по поводу приобретения. Его размер равен расходам на приобретения жилой недвижимости (иногда включается и стоимость земли) , но не более 2 млн.рублей. Поста такого вычитания остаток облагается налогом по ставке 13%.

Имущественный налоговый вычет можно получить на основании приобретения квартиры в 1997г. При этом  стоит оценить целесообразность такого действия. Размер имущественного налогового вычета определяется в пределах оплаченных затрат по приобретению квартиры , но не более , в Вашем случае,1 млн.руб  Как Вы помните, 1 января 1998г. в  РФ проводилась деноминация рубля. Это означает, что стоимость приобретенной Вами квартиры в целях применения имущественного налогового вычета будет уменьшена относительно договора в 1000 раз. Оцените, есть смысл получать  такой имущественный вычет ?

Если Вы являетесь налоговым резидентом РФ ( присутствуете на территории РФ в течение года не менее 183 дней), то весь доход от продажи квартир освобождается от налогообложения, т.к. срок владения каждой из квартир более 3-х лет.

Плательщиками утилизационного сбора признаются лица, которые:
осуществляют ввоз транспортных средств в Российскую Федерацию;
осуществляют производство, изготовление транспортных средств на территории Российской Федерации.

Вы являетесь таковым лицом?

Расчет налога зависит от года регистрации права собственности на квартиру. Если Ваше право на квартиру было зарегистрировано в 2015 году, то налог составит 130 тыс.рублей. Ели же регистрация была оформлена в 2016г. , то налог к оплате в бюджет составит 325 тыс.рублей.

Статус налогового резидента может быть подтвержден любыми документами , свидетельствующими о пребывании человека на территории РФ. Такими документами могут быть : ж/д, авиа или иные билеты; любые миграционные документы; выписки из историй болезни; курортные карты; документы о прохождении любых видов обучения и т.п.

В течение одного года можно продавать любое количество объектов. Налоговая база формируется по каждому объекту с учетом возможных налоговых вычетов, а после применения налоговых вычетов суммируются для исчисления налога. Так по первой квартире у общая сумма ( по двум налогоплательщикам ) составляет 2 450 тыс.руб.  Налоговая база от продажи второй квартиры будет равна нулю, т.к. расходы по ее приобретению равны доходу от продажи. В итоге, общая налоговая база составит 2450 тыс.рублей, а налог к оплате 318 500 тыс.руб. расчет сделан для семьи в целом, с учетом постановки вопроса.