В соответствии с пунктом 34 статьи 217 НК РФ не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц средства материнского (семейного) капитала, направляемые для обеспечения реализации дополнительных мер государственной поддержки семей, имеющих детей. Подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ установлено, что при определении размера налоговой базы налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов, в частности, на приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, а также на погашение процентов по целевым займам (кредитам), полученным от российских организаций или индивидуальных предпринимателей и фактически израсходованным на приобретение на территории Российской Федерации доли в квартире. 

Согласно абзацу двадцать шестому подпункта 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ имущественный налоговый вычет, предусмотренный данным подпунктом, не применяется в случаях, если оплата расходов на строительство или приобретение жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них для налогоплательщика производится, в частности, за счет средств материнского (семейного) капитала, направляемых на обеспечение реализации дополнительных мер государственной поддержки семей, имеющих детей. Расходы на погашение кредита, использованного на приобретение квартиры, являются расходами на приобретение данной квартиры.

Таким образом, имущественный налоговый вычет не может быть предоставлен по расходам, в том числе на погашение ипотечного кредита, произведенным за счет средств материнского (семейного) капитала.