При работе вахтовым методом надбавки, выплачиваемые сотрудникам, не облагаются НДФЛ, если они предусмотрены статьей 302 ТК РФ. 

Эти надбавки положены сотрудникам за каждый день пребывания на вахтовой работе и за фактические дни в пути до места работы и обратно. Размер и порядок выплаты надбавок компания-работодатель определяет самостоятельно. 

Главное, чтобы эти условия были прописаны в коллективном договоре или другом локальном документе организации. Тогда удерживать с них НДФЛ не нужно, разъясняют специалисты Минфина России в письме от 29.06.2012 г. № 03-04-06/9-187.