При определении налоговой базы по операциям с ценными бумагами налоговый агент на основании заявления налогоплательщика может учитывать фактически осуществленные и документально подтвержденные расходы, связанные с приобретением и хранением соответствующих ценных бумаг и которые налогоплательщик произвел без участия налогового агента (абз. 3 п. 18 ст. 214.1 НК РФ). Письмом Минфина от 17.12.12 № 03-04-05/4-1399 разъяснено, что не считаются излишне удержанными суммы НДФЛ, если при совершении операций с ценными бумагами физлицо своевременно не представило налоговому агенту документы, подтверждающие расходы на приобретение указанных ценных бумаг. В этом случае налогоплательщик вправе самостоятельно учесть данные расходы при подаче декларации.