В случае изменения статуса налогового резидента, обязанность возврата излишне удержанного подоходного налога физическим лицам лежит исключительно на налоговой инспекции. Работодатель имеет возможность только зачесть подобную переплату по НДФЛ в счёт последующих платежей по вышеуказанному налогу.

Для возврата НДФЛ работнику, сменившему статус налогового резидента, необходимо лично обратиться в ИФНС, с предварительно оформленной декларацией 3-НДФЛ. Также надо иметь с собой необходимые документы, подтверждающие смену этого статуса. Также следует принять во внимание, что проведение вышеуказанных действий возможно только по окончании года.

По данным, предоставленным Федеральной налоговой службой, в письме № ЕД-4-3/9150 от 9 июня 2011 года, организация имеет право на возврат ранее уплаченного НДФЛ в том случае, когда стаж работника составляет более 183 дней для данного места работы. 

Минфин РФ выразил своё несогласие с ФНС в официальном письме № 03-04-06/6-199 от 2 сентября 2011 года, где была дана следующая информация: "действительно НДФЛ необходимо возвращать только сотрудникам налоговых служб, а не работодателю. Об этом было сказано и в действующем Налоговом кодексе статья 231 пункт 1.1.".